Торакальное отделение №2 организова­но в 1987 году на 30 коек. Основное на­правление работы отделения — лечение опухолей желудка и пищевода.
Кроме того, в отделении получают лечение па­циенты с заболеваниями легких и средостения, опухолями забрюшинного пространства, мягких тканей и кожи.

Ежегодно на базе отделения проходят лечение более 1000 пациентов, выполняется около 500 операций.

Основная часть оперативных вмешательств выполняется по поводу рака желудка (более 100 радикальных и паллиативных гастрэктомий и резекций желудка), рака пищевода и кардиоэзо-фагеальной зоны (экстирпации пищевода, опера­ции типа Льюиса и Гарлока комбинированными торако-абдоминальными доступами, — более 30 оперативных вмешательств ежегодно). В год вы­полняется более 70 операций по поводу заболе­ваний легких и опухолей средостения.

В отделении, кроме системной (внутривенной, внутрилимфатической) химиотерапии, широко используется внутриартериальная терапия, химиолучевое лечение.

Большая часть оперативных вмешательств и способов консервативного лечения выполняется по разработанным в клинике методикам, защи­щенным авторскими правами.

Активно применяются методики хирургиче­ской профилактики функциональных осложне­ний и восстановления трудоспособности и каче­ства жизни у больных, перенесших гастроэктомии и резекции желудка. В год выполняется около 30 операций по формированию «искусственного желудка».

При выполнении операций на органах брюш­ной и грудной полости широко применяется ап­парат электросварки живых тканей, разработан­ный в институте Патона. Аппарат применяется для мобилизации тканей и органов, выполнении лимфодиссекций при операциях на желудке и пищеводе.

В отделении ведется научно-исследователь­ская работа по изучению эффективности приме­нения внутриартериальной полихимиотерапии в лечении больных раком желудка, опухолей лег­ких и средостения, метастатических плевритов и перикардитов.

Используется предоперационная лучевая те­рапия с применением внутрилимфатической химиотерапии у больных раком пищевода. Разра­ботаны оперативные доступы для лечения боль­ных с кардиоэзофагеальным раком.